La historia sigue los esfuerzos heroicos de la agencia de criptozoología Monarch, cuyos miembros se enfrentan a una serie de monstruos gigantes, como el todopoderoso Godzilla, que compite contra Mothra, Rodan y su némesis definitivo: el rey de tres cabezas. Ghidorah. Cuando estas superespecies antiguas (que una vez solo fueron mitos) se alzan de nuevo, luchan por la supremacía dejando la existencia de la humanidad pendiendo de un hilo.